11/28/2007

[NMRPipe] 次回予告

次回のNMRPipeは、実際のデータを使って、スペクトルを表示してみましょう。

すんません、今、追い込み中です。しばらくお待ちを。

11/24/2007

[WHS] Windows Home Server

ということで、先日注文したWindows Home Server(WHS) 120日評価版が到着したので、これからいろいろと試してみることにした。

クッション封筒に入って、郵便で届いた。内容物は以下の写真のとおり。


DVD1枚、CD2枚。説明書などは何もなし。ほんと、そのまんま。

システムの最低条件が、
PenIIIの1Ghz以上、
メモリ512MB以上、
70GB以上のHDD、
100Mbps以上の有線Lanインターフェイス。

ということなので、先日、押入れ行きとなった、
Pen4 2.4B、マザーがIntel D845GEBV2、メモリ1GB、HDDはマクのATAの250GB、Lanはオンボードの100Mbps、VGAもオンボード、こんな感じです。
2世代も3世代も前のスペックなんですが。もちろん、このスペックでもうちじゃあそれなりなんですけどね。

(iPodだって、まだいまだに、第3世代の使ってるし。)


でわ、写真と共に、インストール紹介。

インストールDVDから起動。




そういえば、今気づいたけど、Win2000やXPのように青画面インストールではなかった。

HDDのパーティションはすべて自動、かつ、変更できず。250GBのHDDを1つつなげた状態で、内訳は78GBと155GBの2パーティション。


インストールタイプは、新規。というより、新規以外選択肢なし。


地域とキーボード。
地域に「Japanese」はあり。しかし、インプットメソッドの選択は日本語は無し。



ライセンス承諾





プロダクトキー入力。




サーバの名前を決定。安易に、WHSで決定。


パーティションの確認。かつ、データは全部消えるよ、という確認。




さらに確認。



インストール開始。



始まった時点で51分かかるとの表示。



適当なところで、再起動がかかる。

すると、青画面インストールになった。
その青画面インストール

再起動がかかり、

その後は、灰画面インストール。

で、また再起動。


やっとこさ、ここまで。



あと、ビルド番号がでてたので、




で、また再起動がかかり、
こんどは、ディスクチェックの画面へ。

ここで、面白いのが、表示がWindows Server 2003になってますね。

で、ディスクチェックが終わったら、また再起動。

ここで、やっとこさ、インストール終了かな。

ここからは初期値入力へと、


アドミンのパスワード。


Windows updateの設定。


バグがあったら送って頂戴の設定。



やっとこさ、終わり。でも、1時間もかかってない。




で、実際、立ち上がったら、サーバと言う名だけど、やっぱりWindows。
どっかの記事で、Cドライブとかのドライブレターは無いようなことが載っていたけど、ん??Cドライブも、Dドライブも存在するんだよね。(ただ、わしの記事の読み間違えだったのだろうか)

で、素の状態で、CとDの内容はこんな感じ。



さて、ただ、インストールのレポートだけなら、面白くもなんとも無いので、ひとつ興味深い実験。
WHSがインストールされた、素の状態で、どの程度ポートが開いているか調査。

使ったのは、Nmap
今は、コマンドライン版しかないようなので、それで調査。
使用したコマンドオプションは、こんな感じ。
nmap.exe -A -T4 [WHSのip Address]

で、帰ってきた結果が、以下。
------------------
PORT STATE SERVICE VERSION
80/tcp open http Microsoft IIS webserver 6.0
139/tcp open netbios-ssn
445/tcp open microsoft-ds Microsoft Windows 2003 microsoft-ds
3389/tcp open microsoft-rdp Microsoft Terminal Service
------------------
どう見るかは、あなた次第。

今日はここまで。

11/17/2007

PowerBookと無線Lan第2弾

前回、「PBG4と無線Lan」と題して、3Comの3CRPAG175B、Wireless 11a/b/g PC Card with XJACK Antennaを使って、出っ張らない(飛び出ない)、11gでの接続、を載せました。

さて、今回は、SONYのPCWA-C800Sを安く手に入れる機会があったので、そちらでも試してみたいとおもいます。

3CRPAG175BもPCWA-C800SもどちらもAtheros製のチップを使っているはずなので、ドライバはそのまま前回のもので動くはずです。

なので、今回は、PCWA-C800Sをさしてそのまま動けばOKということになります。

で、うだうだ書いていても面白くありませんので、早速試してみました。

結果..........

そのまま、動きました。

もちろん、MACアドレスが変わるので、ネットワークの設定をし直す必要がありましたが、再起動もせずに、さっくりと動きました。あまりにも、問題無しでつまらん。

Orangewareのドライバは優秀なようです。
PowerBookで3CRPAG175BもPCWA-C800Sも問題なく動きます。
出っ張らない無線Lan、マンセー。

11/11/2007

[NMRPipe] インストール

さて、インストール本番です。

X11を起動します。
xtermが起動しました。

tcshを起動します。

>tcsh

私の場合は、先日の内容のとおり、c-chellをディフォルトにしません。NMRPipeを起動する時にtcshを起動してからそこから、NMRPipeを実行します。なので、インストールの時も同様です。

さて、今の段階では、ホームに.cshrcがないので、思うようにつかえませんね。例えば、tabでのコマンド補完とか。ま、あとでそういう細かいところは直すことにします。

さて、インストールですが、NMRPipeは、インストール先の指定はありません。ただ、Pathの通っているところが良いでしょう。私は、
/Applications/NMRPie
にインストールしました。なので、

>mkdir /Applications/NMRPipe
>cd /Applications/NMRPipe



とし、この中に、先日ダウンロードしたファイルすべてを放り込んで、(必須は、nmrpipe.mac.tar.Z, install.com, と binval.comです)そして、

>chmod u+x install.com
>chmod u+x binval.com

で、属性を変更して、

>./install.com /Applications/NMRPipe

で、インストール開始です。
INSTALLのドキュメントには、数分かかるとありますが、数分もかからず終わりました。で、インストールが終了すると、
"以下の部分をコピーして.cshrcの最後に追加してよ"
と言うような感じのメッセージが出ると思います。その部分をひとまずコピーして、新規のテキストファイルなりに保存しておいてください。

で、ここからは、.cshrcの話になります。
おそらく、先ほどの保存しておいたものは、こんな感じでは?

if (-e /Applications/NMRpipe/com/nmrInit.mac.com) then
source /Applications/NMRpipe/com/nmrInit.mac.com
endif

これを、.cshrcの一番下に追加して保存してください。もちろん、Pathも通しておいてくださいね。

さて、ここまでできたら、試してみましょう。

>which nmrPipe
>nmrPipe -help
>man nmrPipe

動きましたか?いままでに問題やエラーが出てない限り動いてるはずです。
さて、ここで、注意。

マウスを繋いでください。

マウス無しではつらいです。(不可能ではありませんが)つなげたら、

>bruker (or varian, or delta)
終了するには、Quitボタンを左クリックする。
>nmrDraw
終了するには、[Shift]+[q]。

nmrDrawはnmrPipeのフロントエンドです。なので、これからスペクトラムを表示するときはすべて、nmrDrawから行います。ここで、注意ですが、"nmrDraw"であって、"nmrdraw"ではありません。"D"は大文字です。気をつけてください。



今回は、インストール本番でした。
あと、解る人は、ちゃっちゃと御自分でデータ解析しちゃってください。

11/08/2007

NMR Free Software for Windows

先日のOSXで動くNMRのフリーのソフトにつづく、Windows用の紹介。

NMRViewJ
CARA
は、JAVAで書かれているようなので、OSを問わず動く模様。

実は、
NMRPipeもWin用があるんです。ここには、Sun Sparc Solaris, sgi Irix, RedHat/Fedora, Mac OSXしかありませんが、Win用も着々と進んでいるようです。今のところ、インストールは見たところ大変そうです。

さて、本題。
HiRes
登録が必要ですが、よさそうです。
さて、本命。日本語が使える、日本人開発のNMRソフト。どうぞ~。

竹NMR

自分にはスペクトルの表示できませんでした。(1度しか試していませんが。すいません、開発者の方々。)

まだまだありそうですけどね。これくらいを試せば、自分の好みの物が見つかるでしょう。
米欄にこんなのあるよ、って紹介してください。

11/04/2007

NMR Free Software for OSX

NMR データを処理、表示するための主にフリーのソフト。
(主にOSXで動くもの)
検索した限り、今現在生きているプロジェクトを紹介します。

1Dもしくわ2Dのみ表示できるもの、両方OKなもの、いろいろです。詳細(何ができるのとか)は御自分でしらべてください。

アカデミックのみフリーというものも含まれていますし、フリーだけど、要登録というものあります。

  1. NMRPipe
  2. Sparky
  3. jVisualizer
  4. CARA
  5. NMRViewJ (元NMRView)
まだ、いろいろあるかも。Shareの物はあえてのせていません。
Javaで書かれた物もあるので、OSXのみというわけではありません。
Win用のものはまだあります。必要なら、コメントしてください。

11/03/2007

Microsoft Windows Home Server 120 days Trial

気になる記になるさんに、こんな記事があがっていた。

Microsoft Windows Home Server 120 days Trial kit

アメリカ、カナダユーザのみと言うことらしいので、地の利を生かして、Getしてみることにした。

上記のMicrosoftのサイトから、「Order Now」で注文。
もちろん、タダ。
送料はかかるので、支払いの項目、住所等を入力。
ちなみに、送料は、郵便扱いで、5ドルちょいかかった。

到着次第、インストール、使用感のレポートを載せようと思ってます。

11/02/2007

[NMRPipe] インストールの下準備

えー、前回は、NMRPipeの取得(ダウンロード)まで書きました。

今回は、インストールの下準備です。取得した、INSTALL とREADMEを開いてつらつらと見てみましょう。

INSTALL はそのまんまインストールの仕方が書いてあります。
README にはプラットフォームごとの注意点が書いてあります。(特にインストール、実行に関して)できる限り目を通しましょう。

さて、このシリーズはOSX(10.4.10)にNMRPipeを入れることなので、先日のダウンロードの7番は、nmrpipe.mac.tar.Z を落としてあるものとして話を進めます。

そうそう、先日ダウンロードした際に、そのまんまの状態でダウンロードしてますよね。INSTALLにも書いてありますが、必ず、そのまんまの状態で取得してください。つまりですね、展開したり、拡張子を換えたりしないでください。ということです。

さて、インストールに話を戻します。

OSXで、NMRPipeを走らせる場合、X11が必要です。OSXのインストールディスクがある方はそこから入れてもいいですし、appleのWebsiteから最新版を取得して来てもOKです。確認したところ、私は、X11 1.1.3 XFree86 4.4.0 でした。(ちょいふるいですかね? そうでもなさそう、調べた限りでは)
で、X11が動いてればいいんだろうけど、MacportsやfinkでX11を入れた場合は動くのかどうかしりません。(基本的に動くんだろうけど)ご自分でお試しください。

X11を起動すると、xtermが自動で開いたと思います。この場合、shellは、起動したユーザのディフォルトのShellが動いています。OSXの場合、通常はbashだと思います。
NetInfoマネージャーで確認できます。

しかし、声を大きくして言います。INSTALL、READMEにも何度も記載されていますが、

NMRPipeは、c-shell上でインストール、起動、実行してください。

もちろんtcshでもOKです。

で、READMEのMacセクションに、c-shellに変更する方法は、3通りの方法が書いてあります。

  1. NetInfoマネージャでnmrpipeを起動するユーザのディフォルトShellを"/bin/tcsh"に変更する。
  2. ターミナル、もしくわ、xtermで、"chsh -s /bin/tcsh"とする。
  3. ターミナルを開いて、環境設定で、新規ターミナルウィンドウ作成時、このコマンドを実行する、で"/bin/tcsh"とする。
ところがだな、これすべて、ディフォルトのshellの変更なんだよね。
おいらは、bashの方がなれているので、普段はbashでNMRPipeを動かすときだけ、c-chellにしたいので、上記の3通りの方法は、どれもやらずに、シンプルに、
X11起動、xtermが開く、そのウィンドウで、tcshを起動してます。

今日のおさらい。
  • もし、先日のダウンロードで、展開等がされているのなら、ダウンロードしなおし
  • X11のインストール
  • c-shell(tcsh)の起動について
でした。