11/02/2007

[NMRPipe] インストールの下準備

えー、前回は、NMRPipeの取得(ダウンロード)まで書きました。

今回は、インストールの下準備です。取得した、INSTALL とREADMEを開いてつらつらと見てみましょう。

INSTALL はそのまんまインストールの仕方が書いてあります。
README にはプラットフォームごとの注意点が書いてあります。(特にインストール、実行に関して)できる限り目を通しましょう。

さて、このシリーズはOSX(10.4.10)にNMRPipeを入れることなので、先日のダウンロードの7番は、nmrpipe.mac.tar.Z を落としてあるものとして話を進めます。

そうそう、先日ダウンロードした際に、そのまんまの状態でダウンロードしてますよね。INSTALLにも書いてありますが、必ず、そのまんまの状態で取得してください。つまりですね、展開したり、拡張子を換えたりしないでください。ということです。

さて、インストールに話を戻します。

OSXで、NMRPipeを走らせる場合、X11が必要です。OSXのインストールディスクがある方はそこから入れてもいいですし、appleのWebsiteから最新版を取得して来てもOKです。確認したところ、私は、X11 1.1.3 XFree86 4.4.0 でした。(ちょいふるいですかね? そうでもなさそう、調べた限りでは)
で、X11が動いてればいいんだろうけど、MacportsやfinkでX11を入れた場合は動くのかどうかしりません。(基本的に動くんだろうけど)ご自分でお試しください。

X11を起動すると、xtermが自動で開いたと思います。この場合、shellは、起動したユーザのディフォルトのShellが動いています。OSXの場合、通常はbashだと思います。
NetInfoマネージャーで確認できます。

しかし、声を大きくして言います。INSTALL、READMEにも何度も記載されていますが、

NMRPipeは、c-shell上でインストール、起動、実行してください。

もちろんtcshでもOKです。

で、READMEのMacセクションに、c-shellに変更する方法は、3通りの方法が書いてあります。

  1. NetInfoマネージャでnmrpipeを起動するユーザのディフォルトShellを"/bin/tcsh"に変更する。
  2. ターミナル、もしくわ、xtermで、"chsh -s /bin/tcsh"とする。
  3. ターミナルを開いて、環境設定で、新規ターミナルウィンドウ作成時、このコマンドを実行する、で"/bin/tcsh"とする。
ところがだな、これすべて、ディフォルトのshellの変更なんだよね。
おいらは、bashの方がなれているので、普段はbashでNMRPipeを動かすときだけ、c-chellにしたいので、上記の3通りの方法は、どれもやらずに、シンプルに、
X11起動、xtermが開く、そのウィンドウで、tcshを起動してます。

今日のおさらい。
  • もし、先日のダウンロードで、展開等がされているのなら、ダウンロードしなおし
  • X11のインストール
  • c-shell(tcsh)の起動について
でした。

0 件のコメント: