NMR Free Software for Windows

先日のOSXで動くNMRのフリーのソフトにつづく、Windows用の紹介。

NMRViewJ
CARA
は、JAVAで書かれているようなので、OSを問わず動く模様。

実は、
NMRPipeもWin用があるんです。ここには、Sun Sparc Solaris, sgi Irix, RedHat/Fedora, Mac OSXしかありませんが、Win用も着々と進んでいるようです。今のところ、インストールは見たところ大変そうです。

さて、本題。
HiRes
登録が必要ですが、よさそうです。
さて、本命。日本語が使える、日本人開発のNMRソフト。どうぞ～。

竹NMR

自分にはスペクトルの表示できませんでした。（１度しか試していませんが。すいません、開発者の方々。）

まだまだありそうですけどね。これくらいを試せば、自分の好みの物が見つかるでしょう。
米欄にこんなのあるよ、って紹介してください。

NMR Free Software for OSX

NMR データを処理、表示するための主にフリーのソフト。
（主にOSXで動くもの）
検索した限り、今現在生きているプロジェクトを紹介します。

１Dもしくわ２Dのみ表示できるもの、両方OKなもの、いろいろです。詳細（何ができるのとか）は御自分でしらべてください。

アカデミックのみフリーというものも含まれていますし、フリーだけど、要登録というものあります。

1. NMRPipe
2. Sparky
3. jVisualizer
4. CARA
5. NMRViewJ (元NMRView)

まだ、いろいろあるかも。Shareの物はあえてのせていません。
Javaで書かれた物もあるので、OSXのみというわけではありません。
Win用のものはまだあります。必要なら、コメントしてください。

Microsoft Windows Home Server 120 days Trial

気になる記になるさんに、こんな記事があがっていた。

Microsoft Windows Home Server 120 days Trial kit

アメリカ、カナダユーザのみと言うことらしいので、地の利を生かして、Getしてみることにした。

上記のMicrosoftのサイトから、「Order Now」で注文。
もちろん、タダ。
送料はかかるので、支払いの項目、住所等を入力。
ちなみに、送料は、郵便扱いで、５ドルちょいかかった。

到着次第、インストール、使用感のレポートを載せようと思ってます。

[NMRPipe] インストールの下準備

えー、前回は、NMRPipeの取得（ダウンロード）まで書きました。

今回は、インストールの下準備です。取得した、INSTALL とREADMEを開いてつらつらと見てみましょう。

INSTALL はそのまんまインストールの仕方が書いてあります。
README にはプラットフォームごとの注意点が書いてあります。（特にインストール、実行に関して）できる限り目を通しましょう。

さて、このシリーズはOSX（10.4.10)にNMRPipeを入れることなので、先日のダウンロードの７番は、nmrpipe.mac.tar.Z を落としてあるものとして話を進めます。

そうそう、先日ダウンロードした際に、そのまんまの状態でダウンロードしてますよね。INSTALLにも書いてありますが、必ず、そのまんまの状態で取得してください。つまりですね、展開したり、拡張子を換えたりしないでください。ということです。

さて、インストールに話を戻します。

OSXで、NMRPipeを走らせる場合、X11が必要です。OSXのインストールディスクがある方はそこから入れてもいいですし、appleのWebsiteから最新版を取得して来てもOKです。確認したところ、私は、X11 1.1.3 XFree86 4.4.0 でした。（ちょいふるいですかね? そうでもなさそう、調べた限りでは）
で、X11が動いてればいいんだろうけど、MacportsやfinkでX11を入れた場合は動くのかどうかしりません。（基本的に動くんだろうけど）ご自分でお試しください。

X11を起動すると、xtermが自動で開いたと思います。この場合、shellは、起動したユーザのディフォルトのShellが動いています。OSXの場合、通常はbashだと思います。NetInfoマネージャーで確認できます。

しかし、声を大きくして言います。INSTALL、READMEにも何度も記載されていますが、

NMRPipeは、c-shell上でインストール、起動、実行してください。

もちろんtcshでもOKです。

で、READMEのMacセクションに、c-shellに変更する方法は、３通りの方法が書いてあります。

1. NetInfoマネージャでnmrpipeを起動するユーザのディフォルトShellを"/bin/tcsh"に変更する。
2. ターミナル、もしくわ、xtermで、"chsh -s /bin/tcsh"とする。
3. ターミナルを開いて、環境設定で、新規ターミナルウィンドウ作成時、このコマンドを実行する、で"/bin/tcsh"とする。

ところがだな、これすべて、ディフォルトのshellの変更なんだよね。
おいらは、bashの方がなれているので、普段はbashでNMRPipeを動かすときだけ、c-chellにしたいので、上記の３通りの方法は、どれもやらずに、シンプルに、
X11起動、xtermが開く、そのウィンドウで、tcshを起動してます。

今日のおさらい。

• もし、先日のダウンロードで、展開等がされているのなら、ダウンロードしなおし
• X11のインストール
• c-shell(tcsh)の起動について

でした。

[NMRPipe] ダウンロード

時間が無いといいながらも、早速、第一歩。ちなみに、ここからは、すべて、OSX（インストール時点で10.4.10)上での話です。Linuxの人は読み替えてください。ただ、Linux固有の必須事項もあるので、その場合はその都度、ドキュメントを参照してください。

あと、お決まりですが、失敗してデータが飛んだり、OSが起動しなくなっても、わたしゃ知りません。ご自分の責任でおこなってくださいね。


さて、
NMRPipeを取得しましょう。

まずはここ。
一番上に、
How to get NMRPipe and Related Software: Don't hesitate!

とありますね。メールしましょう。メールアドレスは、その段落の中にあります。ここには明記しません。
メールの内容ですが、

1. 名前、
2. 所属研究室、
3. どのプログラムを取得したいのか（NMRPipeと書いておけば問題ありません）

を最低、明記しましょう。
また、あなたの研究内容も書いてくれたらうれしいなと書いてありますね。

さて、メールをしたら、待ちましょう。先方も忙しい方です。私がメールしたときは、学会で長期不在のため、返事が来るまでしばらくかかりました。

さ、返事が来たら、そのメール内に、
ダウンロード先、
ユーザー名とパスワードが書かれていると思います。ざっくりダウンロードしてください。

で、どれをダウンロードすればいいの？

1. install.com
2. binval.com


3. INSTALL
4. DESCRIPTION
5. README
6. RECENT


7. nmrpipe.*.tar.Z (as appropriate for your system)


8. dyn.tar.Z (recommended, DYNAMO structure calculation)
9. mfr.tar.Z (optional, NMR Homology, Dipolar Coupling tools; requires DYNAMO)
10. pdbH.tar.Z (PDB Database, required for MFR and DYNAMO)


11. NMRPipe.tar (All-inclusive archive, takes the place of 3-10 above.)

最低限、１、２、７です。３、４、５、６はドキュメントなので、プログラムの実行には必要ありませんが、大事なことがかいてあるので、落としておきましょう。

で、７は、どれを落とせばいいかわからないなら、１１を落としておきましょう。３から１０まで全部含まれています。８、９、１０はオプションです。私の使用する範囲では必要ないので落とすだけ落として使っていません。

今日はここまで。

予告 NMRPipe

フリーのNMRソフト、NMRPipe。

Linux版、OSX版等、*nix系で動作する非常に優れたソフト。

このソフトの、取得（ダウンロード）、インストール、実行までを、もちろん、日本語でのせて行きます。（このソフトが必要な人は英語が読めるはずだよね。でも、やっぱり、日本語があった方が便利だよね。）

今はテンパってるので時間ができてから。

pdf ファイルをOSXのFirefoxで開く？

OSXで、pdfファイルをブラウザ内で開く方法を調べてみた。

　Safariでは、
PDF Browser Pluginなるもので開くようになる。
もしくは、
adobe reader 8.1 (今現在の最新版）を使えば、PDF Browser Plugin を使わなくても、Safari内にAdobe Readerを介してブラウザ内に表示される。

Firefoxの場合、
これがだな、びみょう〜〜。
PPCの人なら、
PDF Browser Pluginなるもので開くようになる（らしい）。

が、残念ながら、
Intelのひと、あきらめてください。PDF Browser PluginはIntelでは動かない模様。

Adobeさん、次期Readerでは、Intel上でもFirefoxにPluginしてください。